特許請求の範囲と明細書を補正してから早期審査に関する事情説明書を提出する方法と、補正案を早期審査に関する事情説明書に記載してから補正する方法、どちらがより良い方法でしょうか。

早期審査対象で拒絶の理由がない場合、補正の機会を失わないように、確実な補正内容を反映させるためには、補正後の内容で対比説明を含む早期審査に関する事情説明書を提出するべきです。
補正案は、拒絶理由がある場合に審査をスムーズに進めるための手助けとなります。