登録後の権利についても、出願人名義変更の手続で対応できますか。

いいえ。出願人名義変更は、原則として「出願中」の案件について行う手続です。すでに特許権、商標権などとして登録されている場合には、出願人名義変更ではなく、権利の移転登録申請など、登録後の権利に関する手続が必要になります。