証明書に押印しなかった場合でも、作成名義や内容を偽ったら有印私文書偽造等の罪に問われるのでしょうか？

はい、そうなる可能性があります。他人の印章や署名を使用して文書を偽造する行為は、有印私文書偽造罪（刑法第159条第1項）に該当する場合があります。判例（大判明45年5月30日刑録18号790頁）によれば、署名には自筆、代筆、印刷のいずれも含まれます。したがって、証明書の作成名義を偽る行為は、押印がなくとも記名のみの場合でも有印私文書偽造罪に該当する可能性があります。
さらに、証明書の作成名義が正しくても、内容を故意に偽って特許を受けた場合、特許法第197条の「詐欺の行為の罪」によって処罰される可能性があります。