論文を投稿した時点でその発明の新規性は喪失するのでしょうか？なお、その論文が掲載される雑誌はまだ発行されていません。

論文の投稿だけでは、特許法第29条第1項各号に該当し新規性を喪失するとは通常見なされません。論文を投稿しても、その内容が不特定の者に公然と知られる状態になるわけではないため、投稿時点で発明が公然知られたとは一般に認められず、新規性の喪失は生じません。したがって、この段階では新規性喪失の例外規定の適用手続きを行う必要はありません。