刊行物に発明を発表した後、1年以内に米国で特許出願を行い、発表から1年が経過した後にその米国特許出願を基にパリ条約に基づく優先権を主張して日本で特許出願を行った場合、これは「1年以内にその者がした特許出願」として認められますか？

いいえ、認められません。発明が刊行物に発表された後、日本での出願が発表から1年以内に行われなければ、発明の新規性喪失の例外規定の適用を受けることはできません。