意に反して公開された事実を知っている状態で特許出願を行う場合、特許法第30条第1項の適用を受けるために特別な手続きは必要ですか？

いいえ、特別な手続きは必要ありません。意に反して新規性を喪失した日から1年以内に特許出願を行えば問題はありません。この場合、特許出願時に新規性喪失の例外規定の適用を受けようとする旨の書面や、出願後30日以内の「証明する書面」の提出は必要ありません。ただし、意に反して公開された事実については、意見書や上申書などを通じて説明することが推奨されます。