職務発明の場合で、発明者が従業員であり出願人がその会社である場合も、特許を受ける権利の承継の事実を『証明する書面』に記載する必要がありますか？

はい、必要です。職務発明であっても、従業員と会社の間で特許権の承継が行われた事実を権利の承継として記載してください。通常、従業員と会社との間には特許法第35条第2項に基づく予約承継の契約があり、これにより発明が成立した直後に使用者へ特許権が譲渡されることが一般的です。