論文発表後に学内で図書館による論文の閲覧公開が義務付けられています。論文発表によって公開された発明に対して第2項の規定の適用手続きを行う予定ですが、図書館での閲覧公開についても同様の手続きが必要ですか？

いいえ、必須ではありません。論文発表による発明の公開に関して第2項の規定の適用手続きを行っている場合、図書館での閲覧公開については『証明する書面』の提出を省略できます。