X学会で発明Aを発表した後、別のY学会でも発明Aに関する発表を行いました。X学会での発表に関して第2項の規定の適用手続きを行う予定ですが、Y学会での発表についても同様の手続きが必要ですか？

はい、必要です。Y学会での発表についても、新規性喪失の例外規定の適用を受けるための手続きが必要になります。各発表ごとに独立して手続きを行う必要があります。