取引先Xに商品Aを販売した後、異なる取引先Yにも商品Aを販売しました。取引先Xへの販売によって公開された発明に関して、第2項の規定に基づく手続を行う予定です。さて、取引先Yへの販売によって公開された発明についても、第2項の規定の適用を受けるためには、別途手続が必要となりますか？

必要です。取引先Yへの販売によって公開された発明は、第2項の規定に該当する条件を満たしていないため、適用を受けるための手続が必要です。