特許を受ける権利を有する者が複数の店舗に商品を納品する場合、『証明する書面』にはすべての店舗を記載する必要がありますか？

はい、必要です。一部の店舗のみを記載した場合、記載されていない店舗での納品によって公開された発明は、新規性喪失の例外規定の条件を満たさない可能性があります。もし店舗数が多く、すべてを『証明する書面』に記載することが困難な場合は、「別紙参照」と記載し、店舗の一覧表などを添付することが可能です。