セミナーで発明を発表した後、第三者が独自にその同じ発明を発明して特許出願し、その後発表者が特許出願した場合、セミナーでの発表に関して第2項の規定の適用を受けたとしても、発表者の出願は先に出願した第三者によって拒絶されることはありますか？

はい、拒絶される可能性があります。第2項の規定の適用を受けても、出願日が遡ることはありません。特許を受ける権利を有する者が出願する前に第三者が独自に同じ発明をして特許出願した場合、その後の出願は先行する第三者の出願に基づいて拒絶される可能性があります。確実に権利を確保するためには、早めに出願することが重要です。