新規性喪失の日から1年以内に第2項の規定の適用を申請し、日本で出願Aを行いました。その後、出願Aを基にPCT出願Bを行い、出願Bを日本に国内移行しました。日本における指定国として、出願Bに新規性喪失の例外規定の適用はありますか？

はい、あります。日本においては、出願Bの出願Aに対する優先権は国内優先権として扱われます。したがって、出願Bに対しても第2項の規定の適用が可能です。この場合、PCT出願を国内移行した案件である出願Bについては、国内処理基準日後30日以内に新規性喪失の例外規定の適用を受けようとする旨の書面と「証明する書面」を提出する必要があります（特許法184条の14）。ただし、出願Aで提出した「証明する書面」に変更がない場合、出願Aの書面を出願Bで援用することができます。また、出願Bで「不利にならない開示又は新規性喪失の例外に関する申立て」が日本を指定国として行われている場合、新規性喪失の例外規定の適用を受けようとする旨の書面の提出は省略可能です。